微波萃取技術具有時間短、選擇性好、萃取劑用量少等特點，主要作為樣品制備技術用于分離各類化合物，還可作為樣品前處理技術廣泛應用于環境、食品、生化、農業等各個領域。
 

　　天然物提取

　　微波萃取是中藥有效成分提取的有效方法，可應用于黃酮類、生物堿類、多糖類、有機酸類、揮發油類、多酚類以及色素類等物質的提取。應用的例子有萃取香椿葉的總生物堿、萃取靈芝中的多糖等。
 

　　食品檢測

　　微波萃取可用于測定食品中的總糖量、總酸度以及單定物質。與經典方法比，檢測速度有大幅提升。還可測定蔬果中的農藥殘留量。
 

　　環境檢測

　　微波萃取設備可對水質、土壤和沉積物以及固體廢物中的重金屬污染物進行前處理，輔助分析多環芳烴。酚類、農藥殘留等各種污染物。例如分析水樣中的有機氯殺蟲劑、分析空氣中的除蟲菊酯等。
 

　　藥物分析

　　微波萃取可用于血樣、尿樣、頭發等生物樣品中多種藥物的分析，例如測定血清中的6種三環抗抑郁藥等。